一、两者合成与分解的位置不同：
1、肝糖原合成与分解的位置：在肝脏细胞内进行。
2、肌糖原（即肌糖元）合成与分解的位置：在肌肉细胞内进行。
二、两者的来源不同：
1、肝糖原的来源：
（1）食物在饭后由肠道消化吸收入血液，葡萄糖、果糖、乳糖被输入肝脏，有60%～70%转化为糖原储存起来。
（2）空腹时糖原异生增加，即蛋白质分解成氨基酸，脂肪分解成甘油在肝脏转化成糖原；肌肉收缩生成的乳酸，通过肝脏的代谢，亦可能转化为肌糖原。
2、肌糖原的来源：
在剧烈运动消耗大量血糖时，肌糖原分解供能，肌糖原不能直接分解成葡萄糖，必须先分解产生乳酸，经血液循环到肝脏，再在肝脏内转变为肝糖原或合成为葡萄糖。
三、两者的影响因素不同：
1、肝糖原的影响因素：肝糖原的合成和降解受激素(胰岛素和胰高血糖素)控制，在正常情况下，高等动物有合成和降解肝糖的能力，当激素控制失调，会导致肝糖原合成受阻。
2、肌糖原的影响因素：正常糖原含量的肌肉对饮食糖的敏感性较低。只有在预先经运动耗尽肌糖原的情况下，高糖饮食后才出现肌糖原储量明显提高。
参考资料来源：百度百科-肝糖原
参考资料来源：百度百科-肌糖元
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