1、功能上不同
360安全卫士的木马查杀是可以防止木马入侵，不可以清除并杀掉病毒。
360杀毒软件，是专业用来查杀电脑病毒的软件，无法对电脑进行防护。
2、使用方法不同
360安全卫士的木马查杀是在安全卫士的首页导航栏中点击进入的，在其中可以全盘查杀或者按位置查杀。
360杀毒在打开单独的应用程序后，在首页中即可直接点击全盘扫描或者快速扫描来检查电脑中的病毒。
3、杀毒效果不同
360安全卫士的木马查杀针对木马病毒且使用的效果没有多方面病毒查杀对电脑中的防护作用强。
360杀毒针对的是电脑中的所用可能影响电脑使用及安全的病毒，查杀后可以进行修复操作，但针对顽固病毒的效果不强。
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